生殖器官的检查在男科病的体格检查中占有重要位置。检查内容包括对阴茎、尿道、睾丸、附睾、精索、前列腺器官的检查。男性生殖器官的检查是以望诊和触诊为主。望诊是医生用视觉来观察病人全身或局部表现。可借助其它手段查看阴茎是否为严重包茎，阴茎的大小，有无硬结、炎症、肿瘤、发育异常等;阴囊有无水肿;尿道有无排尿困难、瘘孔、下裂、硬结及狭窄、尿道口有无分泌物。
除了以上的可通过望诊检查外，有些则需要用触诊的方法来检查。触诊是医生通过手的感觉进行诊断的一种方法。如对前列腺的检查，可通过肛门指诊，检查它的大小、有无肥大、硬结、肿物等，还可通过按摩前列腺采集前列腺液送实验室检查。睾丸检查包括睾丸的大小、硬度、有无硬结、压痛、鞘膜积液、肿物，是否为隐睾。精索的检查包括输精管的硬度，有无硬结、压痛以及有无精索静脉曲张等。
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