骨髓炎在外伤及原发感染病灶未得到有效控制的时候，就转化为正邪相争。如《外治秘要》所述：“久疮不差，差而复发，骨从孔出”。就形象地描述了这一疾病的转化过程。此时邪气壅盛，骨失所荣，复遭侵蚀而朽。主要表现为骨组织坏死，局部红肿热痛，周围软组织腐烂，严重者出现高热神昏等热毒内陷症状，病在关节者出现关节肿胀、强直等现象，病灶的局部处理尤为重要。
骨髓炎已成脓未溃者应促其速溃，已溃者必须每日 1～2 次将脓液清除干净，疮大口小者宜迅速扩疮，能用药物扩疮的尽量不用手术，以免伤及正常组织。手术后的伤口应先用西医疗法治疗 2 天，待伤口出血完全控制后再换用中医药疗法，以避免产生药物冲突。及时查清骨损情况并尽快清除死骨。探清疮口深度及大小，便于充分清疮用药。洗药要洗透，洗的面积要足够大。药捻要用到底且勿损伤正常组织。外贴或外敷用药一定要大于损伤面积一倍以上。渗出物多时外贴或外敷药 1 日 3 换。疮内脓腔有间隔时一定要将其破坏。对于皮下有空腔者，可对其实施沙袋等重物加压，最好不要整圈包扎加压，以免阻碍循环降低局部免疫力，此法可促使分泌物尽快排出，并挤出腔内空气，消除空腔，促其早愈。疮口中有嵌顿的坏死组织时要及时去除。手术尽量小，以减少对健康组织的损害。对软组织缺损者不宜过早植皮，免生闭门留寇之虞。
需中医治疗时，暴露的疮面正好发挥中医外治药物直达病灶的优势。经中药治疗的开放性疮口比只留引流口的愈合期可缩短至少 1/3 的时间。对有多个疮口的溃疡，待分泌物基本出净时即可先将不便引流的疮口关闭(药物收口)，而便于引流的疮口，则控制不让其先行愈合，留到最后收口。悬吊和经常翻转患肢可促进血液回流，减少患部及周围肿胀，加强异物排出，同时出现多个窦道口的还可以采用各种不同体位引导分泌物顺窦道的走向自然流出。
