结肠癌的鉴别诊断主要是与结肠炎性疾病相鉴别，如肠结核、虹吸虫病、肉芽肿、阿米巴肉芽肿、溃疡性结肠炎以及结肠息肉病等。临床上鉴别要点是病期的长短，粪便检查寄生虫，钡灌肠检查所见病变形态和范围等，最可靠的鉴别是通过结肠镜取活组织检查。
阑尾周围脓肿可被误诊为盲肠癌(结肠癌)，但本病血象中白细胞及中性粒细胞增高，无贫血、消瘦等恶病质，做钡灌肠检查可明确诊断。
结肠癌往往被误诊为痔、细菌性痢疾、慢性结肠炎等。误诊率高达60%-80%，其主要原因是没有进行必要的检查，特别是肛门指诊和直肠镜检查。
结肠其他肿瘤如结肠直肠类癌，瘤体小时无症状，瘤体长大时可破溃，出现极似结肠腺癌的症状;原发于结肠的恶性淋巴癌，病变形态呈多样性，与结肠癌常不易区别。均应做组织活检来鉴别。
