目前口腔溃疡病因不明，可能与下列因素有关：局部或全身免疫功能紊乱;某些营养物质如微量元素或维生素缺乏;一定的家族遗传背景;消化道功能与内分泌紊乱;病毒与幽门螺杆菌感染，以及精神心理因素等。但这些因素是口腔溃疡的病因还是诱发因素，尚无明确结论，故医家迄今未找到根治方法与特效药物。
1.免疫力低下。现代医学研究认为，免疫力低下使身体受到各种疾病的侵袭，口腔溃疡就是其中一种。
2.精神压力大。常常生气、紧张、易怒的人容易被口腔溃疡缠上。
3.遗传因素。家庭有口腔溃疡病史的人比一般人更容易患上口腔溃疡。
4.缺乏某些营养素。与口腔溃疡关系最密切的营养素是B族维生素(特别是维生素B2)。此外，缺乏维生素C也会增加口腔溃疡的几率。由于缺锌会影响溃疡愈合，因此有时口腔溃疡反复发作且补充维生素后效果不佳时，要想到锌缺乏的可能。
5.饮食重口。经常口腔溃疡可能是吃出来的。经常吸烟、喝酒、吃辛辣刺激性食物的人群容易得口腔溃疡。
